Masa depan Isco di Real Madrid menjadi tidak jelas semenjak Zinedine Zidane menjabat sebagai manajer. Padahal keputusan Isco untuk bergabung dengan Real Madrid salah satunya didasari karena faktor Zidane yang pada pada waktu itu menjabat asisten manajer Carlo Ancelotti. Isco mengaku Zidane menghubungi dirinya melalui telepon sesaat sebelum ia berlaga di Kejuaraan Eropa U21 di musim panas tahun 2013 lalu. Zidane membujuk Isco agar bergabung dengan Real Madrid terkait upaya serius Manchester City untuk mendatangkan dirinya. Manuel Pellegrini yang menjabat manajer Manchester City pada waktu itu merupakan mentor Isco di Malaga dan menjadi salah satu sosok yang membuat dirinya menarik perhatian pemerhati dunia sepakbola.
Kini kondisi tersebut telah jauh berubah; Isco bermain selama 3.158 menit pada musim pertamanya berseragam Real Madrid dan mencatat 3.763 menit di musim keduanya saat Real Madrid ditangani Carlo Ancelotti. Meski sempat mengalami cedera; namun hanya Iker Casillas, Marcelo, Toni Kroos, Gareth Bale dan Cristiano Ronaldo yang mencatat lebih banyak waktu dimainkan oleh Real Madrid selama musim 2014/15 lalu. Musim lalu waktu bermain Isco berkurang lebih dari 1.000 menit; ia hanya menjadi starter sebanyak 9 kali di La Liga saat Rafael Benitez masih menjabat manajer dan mencatat 12 kali menjadi starter setelah Zidane mengambil alih posisi manajer.
Berdasar lawan yang dipilih Zidane saat menurunkan Isco sebagai starter; maka dipastikan penilaian sang manajer pada kemampuan dan peran sang gelandang telah berubah. Isco tidak dimainkan pada pertandingan melawan Athletic Bilbao, Levante, Sevilla, Barcelona, Villarreal, Valencia, Real Sociedad dan Deportivo La Coruna. Kesimpulan yang dapat ditarik dari fakta tersebut adalah Zidane hanya memainkan Isco pada laga yang kurang penting dan melawan tim yang lemah. Musim ini tantangan Isco bertambah berat terutama setelah Marco Asensio kembali ke Santiago Bernabeu. Gelandang 20 tahun tersebut dipinjamkan ke Espanyol dan mencatat 4 gol ditambah 13 assist; sedangkan Isco mencatat 3 gol dan 7 assist meski durasi bermain keduanya berselisih lebih dari 1.000 menit.